1836 erfolgte die Gründung der Maschinenbau-Anstalt Übigau, deren technischer Direktor und Vorsitzender des Direktoriums er wurde. Im gleichen Jahr war er Mitbegründer der Sächsischen Elbe-Dampfschifffahrts-Gesellschaft.
1837 Fertigstellung des ersten Dampfschiffs auf der Oberelbe ("Königin Maria"), 1838 folgt der Dampfer "Prinz Albert" - beides Konstruktionen von Schubert.
Im April 1838 kündigte Schubert seinen Vertrag beim Actien-Maschinenbau-Verein und wird wieder Hochschullehrer.
Am 8. April 1839 bei der Eröffnung der ersten deutschen Fern-Eisenbahnstrecke zwischen Leipzig und Dresden fährt Schubert mit der von ihm konstruierten ersten funktonstüchtigen in Deutschland entwickelten und gebauten Dampflokomotive "Saxonia" hinter dem offiziellen Zug her - der wird von zwei englischen Loks getrieben.
Am 31. Mai 1846 erfolgt die Grundsteinlegung für die Göltzschtalbrücke, die Schubert konstruiert hat. Schubert unternahm in Deutschland erstmals den Versuch, die Konstruktion von Brücken für die Eisenbahn mit theoretischen Berechnungen zu untersetzen. Mit über 26 Millionen Ziegelsteinen ist die Göltzschtalbrücke die größte Ziegelsteinbrücke der Welt: Sie ist 574 m lang und 78 m hoch und hat 81 Bögen. Am 15. Juli 1851 eröffnet, steht die Brücke heute noch, lediglich geringfügige Instandhaltungsmaßnahmen waren für die Belastungen des heutigen Eisenbahnverkehrs notwendig.
1868 scheidet Johann-Andreas Schubert aus dem Hochschuldienst aus. Am 6. Oktober 1870 stirbt er in Dresden. Sein Grab befindet sich auf dem Evangelischen Friedhof der Matthäuskirche in der Friedrichstraße.